Perkembangan agroindustri seiring dengan banyaknya penerapan integrasi pertanian-peternakan berdampak terhadap perilaku dan peraturan yang digunakan di farm selama satu dekade terakhir. Dampak tersebut dapat terlihat dengan kesuburan tanah, struktur tanah, gulma, hama dan sebagainya. Meskipun harus menghadapi kesulitan seperti sejumlah tantangan dan peluang yang terkait, cenderung sangat mempengaruhi tingkat dan sifat dari integrasi pertanian dan peternakan. Beberapa hal yang patut dicermati terhadap dampak dan tantangan integrasi pertanian-peternakan diantaranya adalah :
Ketentuan Perdagangan
Memahami tantangan masa depan yang akan dihadapi oleh pelaku integrasi pertanian-peternakan adalah kepastian terdekat bahwa praktek dan strategi saat ini cukup untuk masa depan karena tren yang sedang menurun dalam aspek perdagangan. Saat tren umumnya mengalami penurunan, keputusan farm akan lebih dipengaruhi oleh perubahan relatif pada biaya input dan harga dari komponen pokok perusahaan yang mungkin tidak semuanya mengalami penurunan pada tingkat seragam. Tren seperti itu jika terus menerus terjadi maka akan berpengaruh pada penyeimbangan kembali rasio dari tanaman pakan yang mendukung peningkatan tanaman pakan.
Kebutuhan untuk Inovasi dan Diversifikasi
Produktivitas dan keuntungan dari sistem pertanian mempunyai tantangan berupa tekanan dan bahaya dari makhluk hidup, pengurangan sumber daya, dan ketentuan perdagangan yang kurang baik. Menyikapi hal tersebut, diperlukan inovasi bersifat berkelanjutan. Hasil yang didapat dengan menggunakan inovasi dapat meningkatkan keuntungan yang diperoleh farm. Inovasi juga terus menerus dilakukan terhadap integrasi yang lebih baik dan lebih menguntungkan dengan terus mencari kombinasi tanaman-ternak yang lebih menguntungkan dan juga dapat mencari cara untuk meningkatkan keuntungan dari integrasi yang sudah ada. Sistem produksi tanaman-ternak di masa lalu telah berevolusi dengan cepat untuk mengadopsi inovasi dan peningkatan keanekaragaman. Pengenalan tanaman alternatif seperti pulses dan oilseeds telah menjadi unsur utama dari peningkatan produktivitas
Gulma tahan herbisida
Gulma yang tahan terhadap herbisida terbentuk karena kebiasaan penggunaan herbisida yang digunakan terus menerus. Pencegahan penggunaan senyawa kimia tersebut memerlukan strategi manajemen gulma yang melibatkan integrasi berbagai teknik pengendalian gulma yang berbeda. Sebuah pilihan utama di antara strategi tersebut adalah pengenalan fase padang rumput ke fase tanaman berurutan. Hal ini memungkinkan populasi gulma akan secara drastis dikurangi dengan menggunakan kombinasi perawatan yang melibatkan budidaya, herbisida selektif dan non-selektif, penggembalaan dan pemotongan rumput. Variasi alami dalam palatabilitas antara tanaman rumput dapat digunakan untuk memperkuat dampak pengendalian gulma pada sistem penggembalaan. Penaburan spesies dengan palatabilitas rendah dibandingkan dengan target gulma mendorong penghapusan gulma selektif dan meningkatkan persaingan dari tanaman yang ditanam
Sistem produksi yang berkelanjutan
Peningkatan penggunaan tanaman tahunan telah banyak dianjurkan karena keuntungan yang berkelanjutan yang luas dengan dampak yang sangat positif pada penggaraman dan pengasaman tanah. Dalam jangka pendek dan menengah, penanaman tanaman tahunan dalam skala besar cenderung terkait kepada sistem produksi ternak karena kurangnya pilihan. Adopsi pada masa mendatang tanaman tahunan akan didorong oleh ketersediaan teknologi dan keuntungannya.
Merespon variasi iklim
Sistem produksi campuran tanaman-ternak mewujudkan elemen yang mengurangi resiko musiman, tetapi pengurangan resiko mungkin dilakukan dengan keputusan taktis yang dibuat untuk menanggapi munculnya pengaruh iklim. Produsen biasanya menyesuaikan tingkat dan sifat program panen mereka dalam menanggapi kondisi sebelum dan sesudah penaburan, demikian pula menyesuaikan tingkat input, khususnya pupuk N. (Panji/ Galusia Edisi XXIX)